No solo el nombre Betesda está en duda, por problemas textuales (el versículo 4 falta en los manuscritos más antiguos), sino su ubicación. En el versículo 2 el original reza: "cerca del ... de las ovejas"; algunas versiones suplen "puerta" (de acuerdo con Nehemías 3:1, donde se menciona una entrada en el muro septentrional de Jerusalén); otras, "abrevadero".

     Si las primeras tienen razón, como es probable, el sitio tradicional es el correcto: contiguo a la actual iglesia de Santa Ana, un poco al norte del área del templo. Se halla en el barrio Betzatá (o Bezeta), y aquí los arqueólogos han excavado un estanque trapezoide con sus cinco columnatas. A la par, en la pared de una antigua iglesia en ruinas, se nota un fresco de un ángel que agita las aguas.

     En el año 1888, mientras se reparaba la iglesia de Santa Ana en el nordeste de Jerusalén, se descubrió un depósito. En la pared hay un fresco decolorado que representa a un ángel agitando el agua.